Возглавляет всю систему прокуратуры генеральный прокурор, который назначается на должность советом Федерации по представлению Президента России.

Он несет всю полноту ответственности за работу органов прокуратуры, ежегодно представляет палатам Федерального Собрания и президенту доклад о состоянии законности и правопорядка в Российской Федерации и о проделанной работе по их укреплению.

Высшим звеном является Генеральная прокуратура Российской Федерации. Она, с одной стороны, руководит нижестоящими прокуратурами, а с другой - непосредственно исполняет наиболее важные прокурорские функции по надзору за исполнением законов, а также расследует наиболее опасные преступления, уголовные дела особой сложности или особого общественного значения.

Все нижестоящие прокуратуры можно разделить на территориальные и специализированные.

Территориальные прокуратуры образованы в соответствии с федеративным устройством и административно-территориальным делением Российской Федерации.

В каждом субъекте Федерации действует прокуратура, название которой аналогично названию субъекта Федерации (прокуратура Республики Башкортостан, прокуратура Свердловской области и т.д.).

Прокуроры субъектов Федерации назначаются на должность генеральным прокурором - в этом как раз и проявляется централизованный характер прокуратуры. Однако в некоторых конституциях и уставах субъектов Федерации предусматривается предварительное согласование кандидатуры с региональными органами государственной власти, причем единого подхода к определению, с кем именно необходимо согласовывать, нет. Чаще данный вопрос решается в пользу законодательных органов. Так, в Республике Татарстан кандидатура на должность прокурора согласовывается с Государственным Советом, в Республике Бурятии - с Народным Хуралом, но в Москве - с мэром и т. д.

Основным и наиболее многочисленным звеном органов прокуратуры являются прокуратуры районов и городов. Они выполняют до 70% объема работы, возложенной на органы прокуратуры.

При их образовании учитываются особенности административно-территориального деления субъектов Федерации. В некоторых городах, например в Москве, созданы районы и административные округа. С учетом такого территориального деления в Москве образованы межрайонные прокуратуры и прокуратуры административных округов.

Для оперативного проведения прокурорского надзора в городах - столицах республик, в краевых и областных центрах образуются прокуратуры городов с подчинением им районных прокуратур. В этом случае прокуроры городов обладают функциями руководства и контроля за деятельностью районных прокуратур.
Специализированные прокуратуры строятся по общим для органов прокуратуры принципам: они руководствуются теми же законами, что и территориальные прокуратуры; перед ними стоят общие для всех органов прокуратуры задачи; они используют те же средства прокурорского реагирования на выявленные нарушения закона. Однако они отличаются от территориальных объектом надзора, а также некоторыми особенностями построения системы. В ее основу положен предметно- зональный или экстерриториальный принцип. Это объясняется тем, что существуют определенные сферы жизненно важных для государства и общества правоотношений, которые непосредственно не связаны ни с федеративным, ни административно-территориальным делением.

Экологические правонарушения и их последствия развиваются не по административно-территориальным признакам, а под влиянием экологических, естественно-географических закономерностей (залповый выброс токсичных веществ предприятием, расположенным на значительном расстоянии от места обнаружения его вредных последствий). Зачастую они проявляются на другой территории в силу действия экологических законов, например «розы ветров». Так, в результате Чернобыльской аварии пострадала не только Украина, но и в значительной мере ряд областей России и Белоруссии.

Многие хищения, повреждения, порча грузов совершаются в одном регионе, а обнаруживаются на значительном удалении от него. Нарушения правил технической эксплуатации транспорта допущены в одном регионе, а последствия (авария, крушение) проявляются в другом. Терроризм, связанный с захватом заложников, уничтожением транспортных средств, организуется и подготавливается нередко в месте отправления авиатехнических средств, а дальнейшие преступные действия осуществляются в других регионах.

Таким образом, принцип деятельности специализированных прокуратур заключается в особой компетенции. Она означает, что такие прокуратуры не подменяют деятельность территориальных прокуратур, а обеспечивают реализацию функций органов прокуратуры по предмету своей деятельности там, где территориальные прокуратуры не в состоянии самостоятельно выполнить надзорные и иные прокурорские функции.

Все специализированные прокуратуры принято делить на два типа.

Прокуратуры первого типа - военные, транспортные и закрытого административно-территориального образования (по надзору за исполнением законов на особо режимных объектах).
Они осуществляют функции прокуратуры в полном объеме.

Органы военной прокуратуры реализуют свои полномочия в Вооруженных силах, других войсках, воинских формированиях и органах военного управления.

На транспортные прокуратуры возлагается надзор за соблюдением законов о безопасности движения всеми предприятиями, организациями, учреждениями железнодорожного, воздушного, морского и речного транспорта независимо от форм собственности и ведомственной принадлежности (кроме Министерства обороны, особо важных и режимных объектов). К их ведению также относится надзор за соответствием издаваемых правовых актов государственных предприятий и иных организаций, входящих в систему Министерства транспорта Российской Федерации, Федеральной таможенной службы, Межгосударственного авиационного комитета, а также другие виды надзора, свойственные для органов прокуратуры.
Транспортные прокуроры проводят предварительное следствие по делам о преступлениях, совершенных на транспорте, о преступных нарушениях правил безопасности движения и эксплуатации транспортных средств, о контрабанде и других нарушениях таможенного законодательства и т. д.

Прокуратуры закрытого административно-территориального образования (по надзору за исполнением законов на особо режимных объектах) осуществляют надзор на соответствующих территориях или объектах независимо от их ведомственной принадлежности. На них возлагается и производство предварительного следствия по всем делам о преступлениях, совершенных на особо режимных объектах или связанных с ними, а также в закрытых административно-территориальных образованиях, особо режимных воинских частях и т. д.

Прокуратуры второго типа - природоохранные и по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний. Они действуют и решают задачи наряду с территориальными. В основном специализированные прокуратуры приравниваются к прокуратурам районов и городов. Однако есть исключения. В частности, это Волжская межрегиональная природоохранная прокуратура и Московская региональная прокуратура по надзору за исполнением законов на воздушном и водном транспорте. Они обе приравнены к прокуратурам субъектов Федерации.

На природоохранные прокуратуры возлагается надзор за исполнением законов, направленных на защиту окружающей среды и экологических прав граждан, природоохранными органами, предприятиями, учреждениями, организациями, их должностными лицами, общественными объединениями, проводят предварительное следствие по делам об экологических преступлениях.

Первые природоохранные прокуратуры были образованы еще на территории бывшего СССР в середине 1980-х годов. Особое внимание надзору за соблюдением экологического законодательства стали уделять после крупных техногенных аварий и катастроф на Урале, в Западной Сибири и особенно после Чернобыльской трагедии.

В 1990 г., накануне распада СССР, таких прокуратур насчитывалось 11О, из них 2/3 - в России.

Волжская межрайонная природоохранная прокуратура была создана в 1990 г. Это первая в России специализированная природоохранная прокуратура, созданная по бассейновому принципу. Ей подчинены 15 межрайонных природоохранных прокуратур, расположенных в областных республиканских центрах Поволжья, а также городах с наиболее сложной экологической ситуацией: Осташкове, Твери, Череповце, Ярославле, Костроме, Волгограде, Астрахани и др. Аппарат прокуратуры
находится в Твери. Волжская прокуратура согласовывает свою работу в общей сложности с 14 субъектами Федерации, на территорию которых распространяется ее юрисдикция. Штат прокуратуры небольшой, на 2000 г. он составлял около 130 человек, в то время как ежегодно прокуратурой выявляется до 3 000 и более экологических правонарушений.

На Волжского межрегионального природоохранного прокурора возлагается:

-надзор за исполнением законов, направленных на защиту окружающей среды и экологических прав граждан, представительными (законодательными) и исполнительными органами власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, природоохранными контролирующими органами, их должностными лицами, органами управления и руководителями коммерческих и не коммерческих организаций, которые расположены или функционируют в бассейне реки Волга, а также за соответствием законам издаваемых ими правовых актов;

-уголовное преследование по делам об экологических преступлениях, совершенных на предприятиях, в учреждениях, организациях и иных субъектах хозяйственной деятельности, расположенных в бассейне реки Волга.

Он же определяет по согласованию с прокурорами субъектов Федерации конкретный перечень городов и районов субъектов Федерации, на территории которых распространяются полномочия Волжской межрегиональной природоохранной прокуратуры.

Прокуратуры по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний образуются в местах дислокации наиболее крупных исправительных учреждений и выполняют свойственные прокуратуре функции в отношении администрации соответствующих пенитенциарных учреждений, а также проводят предварительное следствие по делам о преступлениях, совершенных осужденными в исправительных учреждениях и работниками по службе.

Разграничить полномочия территориальных и специализированных прокуратур на практике оказалось не так просто.

Выход был найден в издании приказов генерального прокурора о разграничении компетенции специализированных и территориальных прокуратур (Приказ от 29 сентября 2002 г. «О разграничении компетенции территориальных, приравненных к ним военных и специализированных прокуратур»).

В Генеральной прокуратуре действует НИИ проблем укрепления законности и правопорядка. Он является головным научным учреждением России по проблемам криминологии и прокурорского надзора. Кроме того, при Генеральной прокуратуре созданы Институт повышения квалификации руководящих кадров, Санкт- Петербургский юридический институт и другие учебные заведения.