Національна депозитарна система складається з двох рівнів.

1. Нижній рівень - це зберігачі, які ведуть рахунки власників цінних паперів, та реєстратори власників іменних цінних паперів.

2. Верхній рівень - це Національний депозитарій України і депозитарії, що ведуть рахунки для зберігачів та здійснюють кліринг і розрахунки за угодами щодо цінних паперів.

Також, встановлюють договірні двосторонні повнофункціональні кореспондентські відносини щодо цінних паперів між собою, а також зобов'язані мати спеціальний рахунок у цінних паперах у кожному іншому депозитарії та відкривати такі рахунки всім іншим депозитаріям.

Згідно із Законом України "Про Національну депозитарну систему та особливості електронного обігу цінних паперів в Україні" Національний депозитарій здійснює такі види діяльності:

1. зберігання і обслуговування обігу цінних паперів на рахунках у цінних паперах та операцій емітента щодо випущених ним цінних паперів;

2. кліринг та розрахунки за угодами щодо цінних паперів;

3. ведення реєстрів власників іменних цінних паперів.

Сферою діяльності Національної депозитарної системи є:

- стандартизація обліку цінних паперів згідно з міжнародними стандартами;

- уніфікація документообігу щодо операцій з цінними паперами і нумерація цінних паперів, випущених в Україні, згідно з міжнародними стандартами;

- відповідальне зберігання всіх видів цінних паперів як у документарній, так і в бездокументарній формах;

- реальна поставка чи переміщення з рахунку в цінних паперах з одночасною оплатою грошових коштів відповідно до розпоряджень клієнтів;

- акумулювання доходів (дивідендів, процентних виплат та виплат з погашення тощо) щодо цінних паперів, взятих на обслуговування системою, та їх розподіл за рахунками;

- регламентація та обслуговування механізмів позики та застави для цінних паперів, що беруться на обслуговування системою;

- надання послуг щодо виконання обов'язків номінального утримувача іменних цінних паперів, що беруться на обслуговування системою;

- розробка, впровадження, обслуговування і підтримка комп'ютеризованих систем обслуговування обігу рахунків у цінних паперах і здійснення грошових виплат, пов'язаних з банківськими та іншими системами грошового клірингу на щоденній чи іншій регулярній основі.

Кліринг (англ. clearing — очищення) - це взаємозалік вимог і зобов'язань у торгових розрахунках[46].

Обслуговування обігу державних цінних паперів, у тому числі депозитарну діяльність щодо цих паперів, здійснює Національний банк України.

З метою забезпечення функціонування єдиної системи депозитарного обліку створюється Національний депозитарій (у формі публічного акціонерного товариства).

Уповноваженим органом управління часткою держави у статутному фонді Національного депозитарію є Державна комісія з цінних паперів та фондового ринку. Частка держави у статутному фонді Національного депозитарію може бути відчужена іншим акціонерам не раніше ніж через два роки після його створення.

До компетенції Національного депозитарію належить:

a. зберігання і обслуговування обігу цінних паперів на рахунках у цінних паперах та операцій емітента щодо випущених ним цінних паперів;

b. кліринг та розрахунки за угодами щодо цінних паперів;

c. ведення реєстрів власників іменних цінних паперів;

d. стандартизація депозитарного обліку відповідно до міжнародних норм;

e. стандартизація документообігу щодо операцій з цінними паперами і нумерація (кодифікація) цінних паперів, випущених в Україні, відповідно до міжнародних норм;

f. встановлення відносин і налагодження постійної взаємодії з депозитарними установами інших країн, укладання як двосторонніх, так і багатосторонніх угод про пряме членство або кореспондентські відносини для обслуговування міжнародних операцій з цінними паперами учасників Національної депозитарної системи, контроль за їх кореспондентськими відносинами з депозитарними установами інших країн.

Порядок здійснення грошових розрахунків за операціями з цінними паперами у Національному депозитарії встановлюється Національним банком України за погодженням з Державною комісією з цінних паперів та фондового ринку.

У Національній депозитарній системі можуть обслуговуватись цінні папери, що випускатися в документарній та бездокументарній формах [47].

Форма випуску цінних паперів визначається емітентом, затверджується Державною комісією з цінних паперів та фондового ринку при реєстрації випуску та є підставою для взяття цих цінних паперів на обслуговування Національною депозитарною системою як іменних цінних паперів у документарній формі, цінних паперів на пред'явника у документарній формі або цінних паперів у бездокументарній формі, іменна ідентифікація власників яких здійснюється на підставі облікового реєстру рахунків власників у зберігача.

Випуск цінних паперів у документарній формі здійснюється емітентом шляхом виготовлення сертифікатів, які випускаються з урахуванням вимог, встановлених Державною комісією з цінних паперів та фондового ринку.

У разі емісії цінних паперів у бездокументарній формі, крім приватизаційних паперів, які засвідчують право власника на безоплатне одержання у процесі приватизації частки майна державних підприємств, державного житлового фонду, земельного фонду, емітент оформляє глобальний сертифікат, що відповідає загальному обсягу зареєстрованого випуску, і передає його на зберігання в обраний ним депозитарій.

Емісія цінних паперів — встановлена законодавством послідовність дій емітента з розміщення емісійних цінних паперів[48].

Цінні папери, випущені в документарній формі, можуть бути переведені у бездокументарну форму та зберігатися на електронних носіях внаслідок знерухомлення цінних паперів. Обслуговування угод щодо цінних паперів у бездокументарній формі проводиться тільки учасниками Національної депозитарної системи.

Для укладення на фондовій біржі чи на організаційно оформленому позабіржовому ринку угод щодо цінних паперів, які випущені в документарній формі, цінні папери мають бути знерухомлені в депозитарії, що їх обслуговує.

Знерухомлення цінних паперів - переведення цінних паперів, випущених у документарній формі, у бездокументарну форму шляхом депонування сертифікатів у сховищах зберігача цінних паперів та/або депозитарію з метою забезпечення подальшого їх обігу у вигляді облікових записів на рахунках зберігача цінних паперів та/або депозитарію.

Організаційно оформлений позабіржовий ринок - організація, що об'єднує торговців цінними паперами для надання послуг в укладанні угод щодо цінних паперів і при цьому не має на меті отримання прибутку[49].

Необхідно звернути увагу на те, що різні форми випуску цінних паперів вимагають особливих витрат.

За бездокументарної форми емітент здійснює певні одноразові витрати - оплату за відкриття депозитарієм емітенту рахунку в цінних паперах та депонування глобального сертифіката (тимчасового та постійного), відкриття генеральним зберігачем власникам рахунків у цінних паперах тощо. Крім того, емітент несе також постійні витрати за зберігання глобального сертифіката випуску цінних паперів, здійснення оплати за відкриті рахунки власникам, за переходи прав власності. Досить суттєвих витрат зазнає емітент і при використанні документарної форми. До непостійних витрат можна віднести організацію випуску бланків сертифікатів відповідної захищеності, а у свою чергу до постійних - плату реєстратору за їх зберігання, ведення рахунків тощо.

Контроль за діяльністю Національної депозитарної системи здійснює Державна комісія з цінних паперів і фондового ринку, а також у межах повноважень, визначених законодавством України, Національний банк України, Міністерство фінансів України та інші державні органи. Порядок і умови здійснення депозитарної діяльності учасниками Національної депозитарної системи встановлюються Державною комісією з цінних паперів і фондового ринку. Для здійснення кожного з видів депозитарної діяльності учасникам Національної депозитарної системи видається окрема ліцензія.