Дополнительные ограничения установлены для вопросов, выносимых на референдумы субъектов Российской Федерации и местные референдумы.

В федеральном законе формулируется требование, что вопросы референдума субъекта Федерации не должны противоречить федеральному законодательству. Референдумом субъекта Российской Федерации могут решаться вопросы, находящиеся в ведении соответствующего субъекта Российской Федерации. Первоначально федеральным законодательством устанавливался запрет на возможность внесения на референдум субъекта Российской Федерации не только вопросов, находящихся в исключительном ведении Российской Федерации, но и в совместном ее ведении с субъектами Российской Федерации. Положение федерального закона, полностью исключающее из предмета референдума субъекта Российской Федерации вопросы, составляющие совместное ведение, было признано Конституционным Судом Российской Федерации не соответствующим нормам федеральной Конституции (Постановление Конституционного Суда Российской Федерации от 10 июня 1998 года N17-П "По делу о проверке конституционности положений пункта 6 статьи 4, подпункта "а" пункта 3 и пункта 4 статьи 13, пункта 3 статьи 19 и пункта 2 статьи 58 Федерального закона от 19 сентября 1997 года "Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации"). С учетом указанного решения органа конституционного контроля и в соответствие с последующими изменениями федерального закона, на референдум субъекта Российской Федерации могут также выноситься вопросы, находящиеся в совместном ведении Российской Федерации и ее субъектов, когда эти вопросы не урегулированы Конституцией России и (или) федеральным законом. В иных случаях вопросы, находящиеся в совместном ведении Федерации и ее субъектов, а также вопросы исключительного федерального ведения не могут быть вынесены на референдум субъекта Российской Федерации.

Местный референдум проводится по вопросам местного значения, находящимся в ведении муниципальных образований. Вопросы, подлежащие вынесению на местный референдум, могут определяться законами субъектов Российской Федерации и принимаемыми представительными органами местного самоуправления нормативными правовыми актами. На местный референдум не могут выносится вопросы, не находящиеся в ведении соответствующего муниципального образования. Местный референдум может проводиться только по вопросам, не противоречащим федеральному законодательству и законодательству соответствующего субъекта Федерации.

Федеральным законом устанавливаются требования к формулировке вопроса референдума: она должна исключать возможность множественного толкования и предусматривать возможность однозначного ответа.

В случае, если формулировка вопросов, предлагаемая инициаторами референдума к вынесению на народное голосование, будет не соответствовать Конституции Российской Федерации и требованиям, установленным федеральными законами, то орган или должностное лицо, уполномоченные принимать решение о назначении референдума, обязаны отклонить такую инициативу и отказать в назначении референдума.

В соответствии с Федеральным конституционным законом проверку соблюдения требований, предусмотренных Конституцией Российской Федерации, при реализации инициативы проведения референдума Российской Федерации осуществляет Конституционный Суд Российской Федерации. Он обязан принять соответствующее решение в месячный срок со дня обращения Президента Российской Федерации. На основании такого решения Президент не позднее 15 дней со дня его поступления назначает референдум Российской Федерации. В случае, если в решении Конституционного Суда будет содержаться вывод о несоблюдении требований Конституции России, все процедуры, предусмотренные по подготовке и проведению референдума Российской Федерации, прекращаются.

Федеральный закон не содержит подробной регламентации реализации инициативы проведения референдума субъекта Российской Федерации и местного референдума, а также правил проверки соблюдения законодательства при реализации такой инициативы, предполагая что соответствующее правовое регулирование будет производиться законами субъектов Российской Федерации и уставами муниципальных образований. Федеральный законодатель только устанавливает возможность принятия решения об отказе в назначении референдума органом государственной власти субъекта Российской Федерации либо органом местного самоуправления, уполномоченным в соответствие с законодательством субъекта Российской Федерации, уставом муниципального образования принимать решение о назначении соответствующего референдума. Данное решение может быть принято, если при выдвижении инициативы о проведении референдума будут установлены нарушения Конституции России и федерального законодательства, законодательства субъекта Российской Федерации, устава муниципального образования. К числу таких нарушений необходимо также относить несоблюдение требований и ограничений, установленных федеральным законом к формулированию вопросов, подлежащих вынесению на референдум.

На случай, если референдум субъекта Российской Федерации или местный референдум будет проведен по вопросу, сформулированному с нарушением требований федерального законодательства, устанавливается судебный порядок отмены принятого на таком референдуме решения. При этом в качестве основания для вынесения судом решения об отмене решения, принятого на референдуме субъекта Российской Федерации, местном референдуме, будет является его противоречие Конституции Российской Федерации, федеральному закону, а для местного референдума - также и закону субъекта Российской Федерации. См. Решение референдума.

Законодательством предусматривается обязательность точного воспроизведения текста вынесенного на референдум вопроса в бюллетенях для голосования, выдаваемых участникам референдума. См. Бюллетень для голосования на референдуме.