Это утверждение демонстрирует, что ген e, используемый в тесте rt-pcr, как описано в статье кормана-дростена, не специфичен для sars-cov-2.

Праймеры гена E также обнаруживают широкий спектр других вирусов SARS.
Геном коронавируса является крупнейшим из всех РНК-вирусов, поражающих людей, и все они имеют очень похожую молекулярную структуру. Тем не менее, SARS-CoV1 и SARS-CoV-2 имеют два высокоспецифичных генетических отпечатка пальца, которые отличают их от других коронавирусов. Во-первых, уникальная последовательность отпечатков пальцев (KTFPPTEPKKDKKKK) присутствует в N-белке SARS-CoV и SARS-CoV-2 [13,14,15]. Во-вторых, и SARS-CoV1, и SARS-CoV2 не содержат белка HE, тогда как все другие коронавирусы обладают этим геном [13, 14].
Таким образом, для специфического обнаружения продукта ПЦР SARS-CoV1 и SARS-CoV-2 указанная выше область в гене N должна быть выбрана в качестве цели амплификации. Надежный диагностический тест должен фокусироваться на этой конкретной области гена N в качестве подтверждающего теста. ПЦР для этого гена N не была дополнительно подтверждена и рекомендована в качестве тестового гена в статье Дростена-Кормана из-за того, что она «не так чувствительна» к исходному зонду SARS-CoV [1].

Кроме того, отсутствие гена HE как в SARS-CoV1, так и в SARS-CoV-2 делает этот ген идеальным отрицательным контролем для исключения других коронавирусов. Бумага Кормана-Дростена не содержит ни этого отрицательного контроля, ни каких-либо других отрицательных контролей.
Таким образом, тест ПЦР в статье Кормана-Дростена не содержит ни уникального положительного контроля, ни отрицательного контроля, чтобы исключить присутствие других коронавирусов. Это еще один серьезный недостаток конструкции, из-за которого тест классифицируется как непригодный для диагностики.

Стандартная операционная процедура (СОП) недоступна.

Должна быть доступна стандартная операционная процедура (СОП), которая недвусмысленно определяет вышеуказанные параметры, чтобы все лаборатории могли установить одинаковые условия испытаний. Наличие утвержденной универсальной СОП очень важно, поскольку она облегчает сравнение данных внутри стран и между странами. Очень важно однозначно указать все параметры праймера.
Отметим, что этого не было сделано.
Кроме того, не указано значение Ct, указывающее, когда образец следует считать положительным или отрицательным. Также не указано, когда образец считается инфицированным вирусами SARS-CoV. Как показано выше, тест не может различить вирус и вирусные фрагменты, поэтому значение Ct, указывающее на положительность, имеет решающее значение. Это значение Ct должно быть указано в Стандартной операционной процедуре (СОП) и подключено к сети, чтобы все лаборатории, проводящие этот тест, имели точно такие же граничные условия. Это указывает на ошибочность науки, что такой СОП не существует. Таким образом, лаборатории могут проводить испытания по своему усмотрению, что приводит к огромным вариациям. Лабораториям по всей Европе остается множество вопросов; какие грунтовки заказать? какие нуклеотиды заполнить неопределенными местами? какое значение Tm выбрать? Сколько циклов ПЦР нужно провести? При каком значении Ct образец положительный? А когда он отрицательный? А сколько генов тестировать? Следует ли тестировать все гены или только ген E и RpRd, как показано в таблице 2 статьи Кормана-Дростена? Следует ли тестировать и ген N? И каков их отрицательный контроль? Каков их положительный контроль?

Описанный протокол, к сожалению, очень расплывчат и ошибочен по своей конструкции, так что можно использовать десятки различных направлений. Кажется, что нет ни стандартизации, ни СОП, поэтому неясно, как можно реализовать этот тест.

7. Последствия ошибок, описанных в пунктах 1-5: ложноположительные результаты.

Тест ОТ-ПЦР, описанный в статье Кормана-Дростена, содержит так много ошибок молекулярно-биологического дизайна (см. 1-5), что невозможно получить однозначные результаты. Неизбежно, что этот тест вызовет огромное количество так называемых «ложных срабатываний».
Определение ложноположительных результатов - это отрицательный образец, который изначально дает положительный результат, но становится отрицательным после повторного тестирования с помощью того же теста.
Ложноположительные результаты - это ошибочные положительные результаты теста, то есть отрицательные образцы, которые дают положительный результат. И это действительно то, что содержится в статье Кормана-Дростена.
На странице 6 рукописного PDF-документа авторы демонстрируют, что даже в хорошо контролируемых лабораторных условиях этот тест дает значительный процент ложных срабатываний:

«В четырех отдельных тестовых реакциях наблюдалась слабая начальная реактивность, однако они были отрицательными при повторном тестировании с помощью того же теста. Эти сигналы не были связаны с каким-либо конкретным вирусом, и для каждого вируса, с которым возникла исходная положительная реактивность, были другие образцы, которые содержали тот же вирус в более высокой концентрации, но не дали положительного результата теста. Учитывая результаты обширной технической аттестации, описанной выше, был сделан вывод, что эта начальная реактивность не была связана с химической нестабильностью ПЦР-зондов в реальном времени и, скорее всего, с проблемами, вызванными быстрым внедрением новых диагностических тестов и средств контроля во время этой оценки. исследование." [1]

Первое предложение этого отрывка является четким доказательством того, что тест ПЦР, описанный в статье Кормана-Дростена, дает ложноположительные результаты. Даже в хорошо контролируемых условиях современной лаборатории Шарите 4 из 310 первичных тестов по определению являются ложноположительными. Четыре отрицательных образца сначала дали положительный результат, а затем дали отрицательный результат при повторном тестировании. Это классический пример ложного срабатывания.
В этом случае авторы не идентифицируют их как ложные срабатывания, что является интеллектуально нечестным.

Еще одно показательное наблюдение в приведенном выше отрывке состоит в том, что авторы объясняют ложные срабатывания «устранением проблем, вызванных быстрым внедрением новых диагностических тестов». Представьте себе лаборатории, которые должны внедрить тест без всей необходимой информации, обычно описываемой в СОП.