Краткий каталог ошибок, найденных в статье

Статья Кормана-Дростена содержит следующие конкретные ошибки:

1. В этом протоколе нет конкретной причины использовать эти чрезвычайно высокие концентрации праймеров. Описанные концентрации приводят к увеличению неспецифических связываний и амплификации продуктов ПЦР, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.

2. Шесть неопределенных шатких положений внесут огромное разнообразие в реальную лабораторную реализацию этого теста; сбивающее с толку неспецифическое описание в статье Кормана-Дростена не подходит в качестве стандартного рабочего протокола, что делает этот тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.

3. Тест не может отличить вирус целиком от вирусных фрагментов. Таким образом, тест не может использоваться в качестве диагностики интактных (инфекционных) вирусов, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для выявления вируса SARS-CoV-2 и заключения о наличии инфекции.

4. Разница в 10 ° C в отношении температуры отжига Tm для пары праймеров 1 (RdRp_SARSr_F и RdRp_SARSr_R) также делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.

5. Серьезная ошибка - это пропуск значения Ct, при котором образец считается положительным и отрицательным. Это значение Ct также не обнаружено в последующих материалах, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для выявления вируса SARS-CoV-2.

6. Продукты ПЦР не прошли валидацию на молекулярном уровне. Этот факт делает протокол бесполезным в качестве специального диагностического инструмента для выявления вируса SARS-CoV-2.

7. Тест ПЦР не содержит ни уникального положительного контроля для оценки его специфичности для SARS-CoV-2, ни отрицательного контроля, чтобы исключить присутствие других коронавирусов, что делает тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для выявления SARS-CoV-2. вирус.

8. Схема теста в статье Кормана-Дростена настолько расплывчата и ошибочна, что можно пойти в десятках разных направлений; нет ничего стандартизированного и нет СОП. Это ставит под сомнение научную обоснованность теста и делает его непригодным в качестве специального диагностического инструмента для выявления вируса SARS-CoV-2.

9. Скорее всего, статья Кормана-Дростена не прошла экспертную оценку, что сделало тест непригодным в качестве специального диагностического инструмента для идентификации вируса SARS-CoV-2.

10. Мы находим серьезные конфликты интересов по крайней мере у четырех авторов, в дополнение к тому факту, что два из авторов статьи Кормана-Дростена (Кристиан Дростен и Шанталь Реускен) являются членами редакционной коллегии Eurosurveillance. 29 июля 2020 года был добавлен конфликт интересов (Ольферт Ландт - генеральный директор TIB-Molbiol; Марко Кайзер - старший научный сотрудник GenExpress и научный консультант TIB-Molbiol), что не было заявлено в исходной версии (и до сих пор остается отсутствует в версии PubMed); TIB-Molbiol - компания, которая была «первой», кто произвел наборы для ПЦР (Light Mix) на основе протокола, опубликованного в рукописи Кормана-Дростена, и, по их собственным словам, они распространяли эти наборы для ПЦР-тестов до того, как публикация была опубликована. даже представил [20]; далее, Виктор Корман и Кристиан Дростен не упомянул их вторую принадлежность: коммерческую испытательную лабораторию Labor Berlin. Оба отвечают за диагностику вирусов там [21], а компания занимается ПЦР-тестированием в реальном времени.

В свете нашего повторного изучения протокола тестирования для выявления SARS-CoV-2, описанного в документе Кормана-Дростена, мы выявили ошибки и внутренние ошибки, которые делают бесполезным тест SARS-CoV-2 PCR.

ВЫВОД

Решение о том, какие протоколы испытаний опубликовать и сделать широко доступными, находится непосредственно в руках Евронаблюдения. Решение признать ошибки, очевидные в статье Кормана-Дростена, позволяет значительно минимизировать человеческие затраты и страдания в будущем.

Разве не в интересах Евронаблюдения отозвать этот документ? Наш вывод ясен. Перед лицом всех описанных здесь огромных недостатков и ошибок проектирования протоколов ПЦР мы делаем вывод: в рамках научной честности и ответственности не остается большого выбора.

ССЫЛКИ

[1] Корман Виктор М., Ландт Ольферт, Кайзер Марко, Моленкамп Рихард, Мейер Адам, Чу Даниэль К.В., Блейкер Тобиас, Брюнинк Себастьян, Шнайдер Джулия, Шмидт Мари Луиза, Малдерс Дафна Дж. Дж. К., Хаагманс Барт Л., ван дер Вир Бас, ван ден Бринк Шарон, Вийсман Лиза, Годерски Габриэль, Рометт Жан-Луи, Эллис Джоанна, Замбон Мария, Пейрис Малик, Гуссенс Херман, Реускен Шанталь, Купманс Марион П.Г., Дростен Кристиан. Обнаружение нового коронавируса 2019 года (2019-nCoV) с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени. Euro Surveill. 2020; 25 (3): pii = 2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Электронная переписка между доктором Питером Боргером и доктором Адамом Мейджером: дополнительные материалы

[3] Джафаар и др., Корреляция между 3790 образцами с положительными результатами количественной полимеразной цепной реакции и положительными культурами клеток, включая 1941 изолятов коронавируса 2 с тяжелым острым респираторным синдромом. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, 21 января 2020 г.: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Архив: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics - COVID19-смерти по всему миру:
https://bit.ly/3fndemJ   Архив: https://archive.is/PpqEE

[6] Лабораторные испытания Технического центра экстренного реагирования на COVID-19, NIVD при Центре контроля заболеваний Китая, 15 марта 2020 г.: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Справочник по технологиям ПЦР в реальном времени: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf

Нолан Т., Хаггетт Дж., Санчес Э. Хорошее практическое руководство по применению количественной ПЦР (qPCR) Первое издание 2013 г.

[8] Трестан Пиллонел и др., Письмо редактору: обнаружение SARS-CoV-2 с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Куркела, Сату и Дэвид В.Г. Браун. «Молекулярно-диагностические методы». Медицина 38.10
(2009): 535-540.

[10] Вольфель и др., Вирусологическая оценка госпитализированных пациентов с COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Веб-инструмент Thermofischer Primer Dimer: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library /thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

Дополнительные материалы:
[12] Primer-BLAST, NCBI - Национальный центр биотехнологической информации: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Марра М.А., Стивен Дж.М.Дж., Кэролайн Р.А., Роберт А.Х., Анджела Б.В. и др. (2003) Наука. Последовательность генома коронавируса, ассоциированного с SARS. Наука 300 (5624): 1399-1404.

[14] Изолят коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома Ухань-Ху-1, полный
геном: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Боргер П. Ожидался коронавирус, похожий на атипичную пневмонию, но ничего не было сделано для подготовки. Am J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-ike_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;
Архив: https://archive.is/i76Hu

[16] Процесс оценки / проверки документов Евронадзора: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Официальная рекомендация протокола Кормана-Дростена и рукопись ВОЗ, опубликованные 13 января 2020 года как версия документа 1.0:
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus -assay-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; архив: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Официальная рекомендация ВОЗ по протоколу RT-qPCR Кормана / Дростена, которая
непосредственно вытекает из публикации Eurosurveillance, версия документа 2-1, опубликованной
17 января 2020 г.: https://www.who.int/ docs / default-source / coronaviruse / protocol-v2-
1.pdf? sfvrsn = a9ef618c_2

[19] Редакционный совет Eurosurveillance, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-
assets / imgs / 2020-09-Редакционное% 20Board% 20PDF.pdf;
Архив: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Инструкции по применению LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche
Molecular Solutions, 11 января 2020 г.: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-
gene_V200204_09164154001 (1).pdf
Архив, отметка времени - 11 января 2020 г.: https://archive.is/Vulo5;
Архив: https://bit.ly/3fm9bXH

[21] Кристиан Дростен и Виктор Корман, ответственные за вирусную диагностику в Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/
Архив: https://archive.is/CDEUG

[22] Том Джефферсон, Элизабет Спенсер, Джон Брасси, Карл Хенеган Вирусные культуры для оценки
инфекционности COVID- 19. Регулярный обзор. Систематический обзор doi:
https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932 https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Ким и др., Архитектура транскриптома SARS-CoV-2:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] Ответ ECDC д-ру Питеру Боргеру, 18 ноября 2020 г.:
Дополнительные материалы

[25] Проф. Д-р Ульрике Каммерер и команда, исследование и таблица Primer-BLAST:
дополнительные материалы

Дополнительная литература:

Описание RT-PCR RKI Germany, на странице 10 этой ссылки:
https://www.rki.de/DE/Content/Gesundheitsmonitoring/Gesundheitsberichterstattung/GBE
DownloadsJ /
JoHM_S5_2020_Studienprotokoll_CORONA_MONITORING_lokal.pdf

Авторы:

1) Д-р Питер Боргер (магистр, доктор философии), молекулярная генетика, научный сотрудник W + W, Лёррах, Германия

2) Раджеш Кумар Малхотра (художник, псевдоним: Бобби Раджеш Малхотра), бывший 3D-художник / научные визуализации в CeMM - Центре молекулярной медицины Австрийской академии наук (2019-2020), Университет прикладных искусств - Департамент цифровых искусств Вены, Австрия

3) Д-р Майкл Йидон, BS (с отличием) Biochem Tox U Surrey, PhD Pharmacology U Surrey. Управляющий директор Yeadon Consulting Ltd, бывший главный научный сотрудник Pfizer, Великобритания

4) Д-р Клэр Крейг, Массачусетс, (Кантаб), BM, BCh (Oxon), FRCPath, Соединенное Королевство

5) Кевин МакКернан, BS Университет Эмори, главный научный сотрудник, основатель компании Medical Genomics, спроектировал конвейер секвенирования в WIBR / MIT для проекта «Геном человека», изобрел и разработал секвенатор SOLiD, получил патенты, связанные с ПЦР, выделением и секвенированием ДНК, США

6) Профессор доктор Клаус Штегер, отделение урологии, детской урологии и андрологии, молекулярной андрологии, Центр биомедицинских исследований Университета Юстуса Либиха, Гиссен, Германия

7) Д-р Пол МакШихи (бакалавр, доктор философии), биохимик и промышленный фармаколог, Леррах, Германия

8) Доктор Лидия Ангелова, магистр биологии, кандидат микробиологии, бывший научный сотрудник Национального института аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), Мэриленд, США.

9) Д-р Фабио Франки, бывший врач Dirigente Medico (MD) в отделении инфекционных болезней, специализирующийся на «Инфекционных заболеваниях» и «Гигиене и профилактической медицине», Società Scientifica per il Principio di Precauzione (SSPP), Италия.