Основными источниками доходов депозитария являются комиссионные доходы от проведения операций по учету и хранению ценных бумаг депонентов.

Договор между депозитарием и депонентом об оказании услуг по учету прав на ценные бумаги именуется депозитарным договором (договором о счете депо). Депозитарный договор должен быть заключен в письменной форме. Депозитарий обязан утвердить условия осуществления им депозитарной деятельности, являющиеся неотъемлемой частью депозитарного договора.

Если иное не предусмотрено федеральными законами или договором, депозитарий не вправе совершать операции с ценными бумагами депонента иначе как по поручению депонента.

Если это предусмотрено депозитарным договором, депозитарий вправе совершать сделки по предоставлению займа ценными бумагами, одновременно являясь представителем разных сторон в сделке.

На ценные бумаги депонентов не может быть обращено взыскание по обязательствам депозитария.

Депозитарий имеет право регистрироваться в реестре владельцев ценных бумаг или у другого депозитария в качестве номинального держателя на основании депозитарного договора.

Депозитарий несет ответственность за неисполнение или ненадлежащее исполнение своих обязанностей по учету прав на ценные бумаги, в том числе за полноту и правильность записей по счетам депо, а также за сохранность находящихся у него на хранении обездвиженных документарных ценных бумаг.

Учет прав на ценные бумаги осуществляется депозитарием на основании депозитарного договора при соблюдении одного из следующих условий:

1) депозитарием осуществляется хранение обездвиженных документарных ценных бумаг или на основании федерального закона хранение электронного документа, в котором закреплены права по бездокументарной ценной бумаге;

2) депозитарий является номинальным держателем ценных бумаг;

3) депозитарий на основании договора с эмитентом оказывает услуги по централизованному учету прав на ценные бумаги.

Если иное не предусмотрено федеральным законом, депозитарий, осуществляющий учет прав на ценные бумаги, обязан оказывать депоненту услуги, связанные с получением доходов в денежной форме по таким ценным бумагам и иных причитающихся владельцам таких ценных бумаг денежных выплат.

Депозитарий обязан совершать все предусмотренные законодательством Российской Федерации и депозитарным договором с депонентом действия, направленные на обеспечение получения депонентом всех выплат, которые ему причитаются по таким ценным бумагам.

17 ноября 2011г. был принят Федеральный закон № 414-ФЗ «О центральном депозитарии», который ознаменовал новый этап развития инфраструктуры рынка ценных бумаг – этап упрощения расчетов, эффективности учета, снижения рисков и издержек всех его участников.
Основными  нововведениями являются:

1. Появление на рынке ценных бумаг новой фигуры – Центрального депозитария. Центральный депозитарий – депозитарий, который является небанковской кредитной организацией и которому присвоен статус центрального депозитария. Присваивать статус Центрального депозитария будет ЦБР России в порядке, установленном Минфином России.
Законодатель наделил Центральный депозитарий рядом исключительных функций, призванных обеспечить стабильность и открытость российского фондового рынка, таких как:

1) осуществление функций расчетного депозитария;

2) осуществление функций номинального держателя в реестрах владельцев ценных бумаг эмитентов, обязанных в соответствии со ст. 30 Федерального закона «О рынке ценных бумаг» осуществлять раскрытие информации в форме существенных фактов;

3) осуществление функций номинального держателя в реестрах владельцев инвестиционных паев или ипотечных сертификатов, если правилами доверительного управления предусмотрена возможность их публичного обращения;
4) открытие счетов депо иностранного номинального держателя иностранным организациям, которые являются международными централизованными системами учета прав на ценные бумаги и (или) расчетов по ценным бумагам либо центральными депозитариями, осуществляющими расчеты по ценным бумагам по результатам торгов на иностранных биржах, иных регулируемых рынках или клиринг;

5) хранение облигаций на предъявителя с обязательным централизованным хранением, допущенных к публичному обращению.

Центральный депозитарий, осуществляя депозитарную деятельность в полном объеме, также вправе открывать и вести счета, которые не предназначены для учета прав на ценные бумаги, в том числе эмиссионный счет и счет неустановленных лиц.

Кроме того, законодателем закреплено право Центрального депозитария осуществлять клиринговую деятельность, право присваивать международные идентификационные коды (ISIN) российским ценным бумагам, а также оказывать услуги по раскрытию информации эмитентами, управляющими компаниями паевых инвестиционных фондов и иными лицами.
2. Изменение порядка осуществления деятельности профессиональными участниками рынка ценных бумаг. В значительной степени меняется порядок осуществления депозитарной деятельности, а также порядок ведения реестров владельцев эмиссионных именных ценных бумаг (далее – «Реестр»). В частности, Законом-спутником установлено, что с 01 июля 2012г. лицевойсчет номинального держателя в реестре может быть открыт только Депозитарию, тогда как ранее эта возможность была и у брокеров. Однако судьба счетов номинальных держателей, открытых брокерам, после 01 июля 2012г. законом не предопределена. При этом только Центральному депозитарию может быть открыт счет номинального держателя в реестрах владельцев ценных бумаг эмитентов, обязанных раскрывать информацию в соответствии со ст. 30 Федерального закона «О рынке ценных бумаг».
3. Обеспечение конфиденциальность информации. Законом о Центральном депозитарии предусмотрены общие требования по защите информации о счетах и об операциях клиентов Центрального депозитария. В тоже время в закон о рынке ценных бумаг внесены изменения (ст. 8.6.), определяющие ограниченный круг лиц, которым может быть предоставлена информация по лицевым счетам/счетам депо:

- судебным органам,

- федеральному органу исполнительной власти по рынку ценных бумаг;
- органам предварительного следствия по делам, находящимся в их производстве, и при наличии согласия руководителя следственного органа;
- органам внутренних дел при осуществлении ими функций по выявлению, предупреждению и пресечению преступлений в сфере экономики.

    Информация о лице, которому открыт лицевой счет (счет депо), а также информация о принадлежащих ему ценных бумагах, также может быть предоставлена и Эмитенту, но только в целях исполнения им требований законодательства РФ. Таким образом, Эмитент должен будет обосновать необходимость получения информации со ссылкой на нормы законодательства РФ.
4. Раскрытие информации о конечных бенефициарах ADR/GDR, выпущенных на акции российских эмитентов. Одним из наиболее важных нововведений является возложение обязанности на держателей ADR/GDR, выпущенных на акции российских эмитентов, по раскрытию конечных владельцев бумаг.