Коронация Федора состоялась 31 мая 1584 г.

Расправа с Нагими и Бельским, торжественная коронация Федора не сняли противоречий в Думе. Борьба только начиналась.

После подавления московских волнений враждующие стороны в Думе продолжали накапливать силы. Влияние Н. Р. Юрьева сказалось на пополнении ее состава.

Медленно, но уверенно росло влияние и Годуновых.

За 1584–1585 гг. Дума выросла вдвое: список думных чинов пополнился 13 боярами и 5 окольничими. При этом 8 бояр и 1 окольничий принадлежали к годуновской группировке, что резко изменило в ее пользу соотношение сил в Думе. Положение Земской группы боярства осложнялось тяжелой болезнью ее лидера — Н. Р. Юрьева.

Болезнью Н. Р. Юрьева воспользовался Борис Годунов, чтобы нанести удар по земской части Думы.

В первые же годы деятельности правительство царя Федора столкнулось с большими трудностями как во внутренней, так и во внешней политике. Иван Грозный оставил после себя вконец разоренную страну с запутанными международными отношениями. Только в последние годы его жизни молодые администраторы начали осуществлять мероприятия, чтобы вывести страну из тупика. Правительство нового царя пыталось развить и углубить эти начинания. Чтобы завоевать доверие, оно проводит ряд мер. Горсей писал, что амнистированы были заключенные; наиболее продажные чиновники, воеводы, судьи были сменены «честными людьми». Одновременно велено было «творить правый суд, невзирая на лица. При этом для большего успеха увеличили их земли и ежегодное жалованье». Особенно тяжкие пошлины и налоги были «уменьшены, а некоторые совсем отменены». Не позволялось совершать наказания без достаточных улик. «Вообще, — подводит итоги Горсей, — большая перемена последовала во всем правлении; произошла она спокойно, без тревоги для царя, без обиды подданных и принесла безопасность и честь государству.».

Перепись земель, предпринятая в 1581/82 г., достигла к 1584/85—1586/87 гг. апогея.

По-прежнему шло наступление на земельное могущество церкви. Правительству удалось добиться издания соборного приговора 10 июня 1584 г. об отмене податных привилегий монастырей (тарханов).

1 июня 1586 г. правительство издает указ о кабальном холопстве.

На середину 80-х годов XVI в. приходится наиболее интенсивное составление писцовых книг, являвшихся основным документом для установления владельческой принадлежности крестьян и их сыска. Нечто сходное было осуществлено и для кабальных холопов.

В интересах дворянства был принят указ, провозгласивший обеление господской запашки от несения тягла сроком на пять лет. Указ должен был стимулировать помещичье хозяйство и содействовать притоку крестьян на льготные земли.

Меры по упорядочению ямской службы имели как военно-административное, так и хозяйственное значение.

Одним из средств оживления экономики должно было стать развитие торговли со странами Запада и Востока. После потери Нарвы решено было сделать центром морских торговых сношений с другими европейскими странами устье Северной Двины. 4 марта 1582 г. Иван IV утвердил план строительства здесь Архангельска, и в течение 1584–1585 гг. город был построен. Указом 1585 г. Архангельск стал единственным городом, где иноземцам разрешалось закупать товары из внутренних районов страны. Продолжалось создание городов-форпостов в Сибири и на юге страны: в 1585/86 г. построили Тюмень, к 1585 г. на Дону — Воронеж, а на р. Сосне — Ливны.

С общей градостроительной политикой правительства связано было и строительство Белого города («Царягорода») в Москве. Возможно, именно московские волнения 1584 г. укрепили правительство в мысли обезопасить столицу новой линией крепостных стен.

Символом могущества Русского государства должна была стать «Царь-пушка», отлитая в 1596 г.  Пушку поставили у Фроловских ворот, где недавно разыгрались бурные события московского восстания 1584 г.

Вскоре началось и строительство на Волге, имевшее не только военно-стратегическое, но и экономическое значение. Оно обеспечивало безопасность юго-восточных рубежей страны и содействовало развитию торговли по этой крупнейшей речной магистрали. В 1585/86 г. построены были Самара и Уфа.

В связи с напряженной ситуацией в Поволжье ожидались активные действия крымцев и ногайцев. И действительно, весной 1584 г. их отряды численностью до 40 тыс. человек во главе с Арасланом-мурзой, Дивеевым сыном, перешли через Оку и «воевали многие городы. Поход продолжался две недели. Войскам во главе с думным дворянином М. А. Безниным удалось 7 мая разбить крымцев и ногайцев.

Тем временем в Крыму вспыхнула распря между детьми Девлет-Гирея.

В июле 1584 г. в Константинополь отправлен был посол Благово с извещением о смерти Ивана IV и вступлении на престол Федора. Русское правительство предлагало султану сохранить дружбу между державами и развивать впредь торговые отношения.

Одним из следствий хозяйственного разорения страны в 60-80-е годы XVI в. и массового бегства крестьян, холопов и горожан на окраины было возникновение казачества на Дону и Яике. Русское правительство стремилось подчинить донских и яицких казаков, с тем чтобы использовать их отряды для борьбы с набегами крымцев и ногайцев. Самовольные действия казаков вызывали у русского правительства серьезное беспокойство.

Осуществить это не удалось, а все репрессивные меры против казаков только усиливали недовольство на Дону, который в начале XVII в. стал одним из центров Крестьянской войны.