Розділ 2 Проведення філогенетичного аналізу А-вірусу винограду

Для того, аби провести філогенетичний аналіз нами було обрано нуклеотидну послідовність канадського ізоляту А-вірусу винограду з бази даних GenBank під номером доступу JX559641.1 - нуклеотидна послідовність гена капсидної оболонки канадського ізоляту довжиною 7346 пар нуклеотидів.

Так як для побудови і подальшого характеризування філогенетичних дерев, спершу необхідно порівняти обрану послідовність із аналогічними існуючими у всесвітньому генетичному банку даних послідовностями, нами була сконструйована таблиця.

Отже, досліджуючи різні ізоляти даного вірусу, узяті з генетичного банку даних, були отримані такі дані. (Табл. 2.1)

№ п/п	Номер в генетичній базі даних	Країна походження	Джерело вірусу	Відсоток гомології, %	Відсоток подібності,%
	JX559641.1	Канада	Виноград культурний
	KF013810.1	США	Виноград культурний
	KF013794.1	США	Виноград культурний
	DQ787959.1	Південна Африка	Nicotiana benthamiana
	LK937668.1	Греція
	LK937675.1	Греція
	KF594434.1	Македонія	Виноград культурний
	DQ911145.1	Китай	Виноград

 

Згідно даних таблиці, ми можемо зробити висновок, що даний вірус поширений як у східній, так і західній півкулях. Найчастіше він вражає виноград, проте трапляється, що джерелом вірусу виступає Nicotiana benthamiana.

Для побудови філогенетичних дерев було обрано такі методи: 1) максимальної парсимонії; 2) метод попарного внутрішньовидового невиваженого середнього (Unweighted Pair-Group Method Using Arithmetic Averages, UPGMA) – модель Кімури; 3) метод попарного внутрішньовидового невиваженого середнього (Unweighted Pair-Group Method Using Arithmetic Averages, UPGMA) – модель Джукса-Кантора; 4) метод максимальної подібності

Рис.2.1 Філогенетичне дерево побудоване методом максимальної парсимонії

За результатами даного філогенетичного дерева, обраний ізолят JX559641.1:

· знаходиться в одному субкластері з ізолятом під номером KF013810.1, який досліджувався в США;

· має найбільший відсоток схожості (99%) з ізолятом KF013794.1, що так само досліджувався в США;

· найбільш віддаленим є ізолят LK937675.1 із Греції, його відсоток схожості становить лише 25%

Наступне філогенетичне дерево побудоване за допомогою методу попарного внутрішньовидового невиваженого середнього, а саме модуль Кімура (Рис.2.2).

Рис.2.2 Філогенетичне дерево, побудоване за методом UPGMA за нуклеотидними послідовностями капсидного білку А-вірусу винограду, модель Кімури (масштаб показує еволюційну відстань, яка відповідає 2 замінам на 100 нуклеотидів).

 

 

За його результатами можна зробити такі висновки:

· обраний ізолят JX559641.1 як і за результатами попереднього метода, знаходиться в одному субкластері з ізолятом KF013810.1, який досліджувався в США;

· обраний ізолят JX559641.1 має 100% подібність із ізолятом KF013794.1, що так само із США;

· даний ізолят є найбільш віддаленим відносно ізоляту під номером доступу LK937668.1, що досліджувався в Греції (відсоток гомології становить лише 26%)

Наступне дерево побудоване за допомогою методу UPGMA, модель Джукса-Кантера (Рис.2.3)

Рис.2.3 Філогенетичне дерево, побудовані за методом UPGMA, модель Джукса-Кантера. Поділка бутстрепу становить 2 заміни на 100 нуклеотидів.

За даним отриманого дерева можна підвести такі підсумки:

· як і в попередніх разах обраний ізолят JX559641.1 знаходиться в одному субкластері з ізолятом KF013810.1 (США), відсоток гомології становить 89%;

· найбільш спорідненим являється ізолят KF013794.1, що так само із США, відсоток гомології – 100%;

· як і в попередній раз, найбільш віддаленим стосовно обраного ізоляту JX559641.1 можна вважати ізолят під номером LK937668.1 (Греція), відсоток гомології становить лише 47%;

·

Останнє дерево будувалося за методом максимальної подібності- Maximum Likelihood method (Рис.2.4).

Рис.2.4 Філогенетичне дерево, побудовані за методом максимальної подібності за трансльованими амінокислотними послідовностями капсидного білка А-вірусу винограду.

 

Згідно даного дерева ізолят JX559641.1:

· на відміну від попередніх досліджень не знаходиться в субкластері з ізолятом KF013810.1;

· має 96% подібність з усіма ізолятами, окрім KF013810.1 і KF013794.1, які обидва знаходяться в одному субкластері, походять із США і відсоток подібності рівний 50%, та DQ787959.1 (Південна Африка) та DQ911145.1 (Китай), які так само знаходяться в одному субкластері і чий відсоток подібності дорівнює 50%.