Часть 2: Моделирование Монте Карло

Конфигурации образцов по методу Монте Карло ищут из Больцмановского распределения при данной температуре. Эта методика может использоваться при повышенных температурах, чтобы переместить интересующую нас молекулярную систему поперек потенциальных барьеров. В этом упражнении мы применяем метод Монте Карло, сопровождаемый оптимизацией геометрии, как технику поиска дополнительной конформации.

Устанавливать моделирование Монте Карло:

1. Сначала восстановите сольватированную систему цвиттериона аланина, которая была сохранена как ala-liq.hin.

2. Выбрать Monte Carlo на меню Compute.

Диалоговая ячейка Monte Carlo Options позволяет Вам устанавливать параметры моделирования Monte Carlo. В этом примере мы будем управлять постоянным температурным моделированием в 1000 шагов. Для некоторых систем, может быть полезно, добавить опции нагревания и охлаждения фазы. 3. Установить Run Steps на 1000. Установить шаги Heat и Cool на 0.

4. Установить максимальный размер шага, Max Delta, 0.05 Å. Это устанавливает максимальное атомное смещение. Если оно слишком маленькое, только ограниченное осуществление выборки новых конфигураций произойдет. Если оно - слишком большое, нефизические конфигурации, могут быть произведены. Это значение показывает эффективность моделирования.

5. Установить Simulation Temperature на 300К.

6. Удостоверьтесь, что на Periodic boundary conditions находится метка.

7. Установить Data Collection period в 4 шага.

Установка Monte Carlo Playback

8. Установить если желательно снимок файла.

Воспроизведение "траектории" Monte Carlo основано таким же образом как воспроизведение Динамики. Как и с Динамикой, анализ моделирования может быть удобно выполнен при воспроизведении. Например, Вы можете останавливать воспроизведение в точке в моделирования, где идет падение потенциальной энергии, и определить структуру в этой точке.

Установка усреднения из Монте Карло

9. Установить по Вашему желанию Averages и Graphing.

Установка Monte Carlo Averages идентична установке Molecular Dynamics Averages. Имеется дополнительный параметр, который Вы можете контролировать в Monte Carlo: приемное отношение. Оно появляется в списке возможных выборов в коробке диалога Monte Carlo Averages как ACCR; также появляется DACCR, rms отклонение ACCR от среднего. Приемное отношение - среднее текущее число отношения числа проведенных шагов к назначенным шагам. Оптимальные значения - близко к 0.5. Изменение размера шага может иметь большое влияние на приемное отношение.

Продолжение Моделирования и Анализа

Не имеется никаких существенных различий между процедурами использования HYPERCHEM, чтобы анализировать моделирование Монте Карло, и анализировать моделирование Молекулярной Динамикой. Окно результатов Монте Карло может быть скопировано на панель WINDOWS и вставлено в другие приложения. Средние могут быть легко восстановлены, открывая ячейку диалога Среднее из Монте Карло.

L-щелкните на одном из свойств, предварительно отобранных для усреднения; только среднее сообщено будет ниже.

 

1. Выполните эти шаги, чтобы рассмотреть динамику воспроизведения:

• Открыть файл ala-run.hin.

• Открыть ячейку диалога Molecular Dynamics Options и выбрать Playback. Выберите Snapshots, чтобы определить, какую часть моделирования повторно показать.

• Выбрать Proceed, чтобы начать динамику воспроизведения.

Воспроизведение Моделирования будет существенно быстрее, чем начальное вычисление динамики.

2. Создать названия для выборов двух, трех или четырех атомов, и использовать динамику воспроизведения, чтобы изобразить эти значения.