Дифференциация налогообложения для целей промышленной политики учитывает помимо отраслевого еще и региональный и миграционный аспекты, имеющие в России особенно большое значение.

Дифференциация в принципе уже заложена в отдельных статьях Налогового кодекса: к различным группам товаров применяются различные ставки НДС и акцизов, для отдельных видов деятельности установлены специальные ставки ЕСН, введены налоги на добычу полезных ископаемых и на игорный бизнес. Однако дифференциацию налогообложения необходимо закрепить в качестве принципа путем внесения изменений в ст. 3 Налогового кодекса. В ней должен быть закреплен принцип дифференциации налогообложения по видам деятельности и производимой продукции и по географическому положению. Шкала дифференцированных ставок должна быть построена в зависимости от нормы передела (наукоемкости). Географическая дифференциация должна осуществляться в рамках дифференциации ставок одного налога, а также через региональные налоги. В последнем случае это должно согласовываться между региональным и федеральным уровнями принятия решений.  

Таможенные платежи также способны дифференцировать уровень налоговой нагрузки вплоть до конкретного вида или группы товаров.

Изменение структуры промышленности возможно путем использования налогового инструментария для перераспределения доходов сырьевого и передельного секторов. Для этого, в частности, необходимо изъятие и перераспределение в пользу приоритетных отраслей промышленности так называемой «природной ренты», которая прежде всего представляет собой доходы от реализации отечественных природных ресурсов на мировом рынке. Полученные в итоге средства (по оценкам, более 25 млрд. долл.), должны поступать в ссудный фонд промышленности и с его помощью перераспределяться в инвестиционных целях промышленности. Наиболее эффективно изъятие ренты в форме взимания таможенной пошлины, ставка которой устанавливается правительством, которому для этого нужно дать законодательные основания. При этом таможенная стоимость должна определяться, исходя не из декларируемой, а из реальной рыночной стоимости сырья на мировых рынках, определяемой в соответствии с котировками на ведущих мировых биржах.

Для обеспечения перспективного развития добывающей отрасли необходимо стимулирование финансирования разведки месторождений полезных ископаемых. Для этого следовало бы восстановить целевой налог на воспроизводство минерально-сырьевой базы (или его аналог), который должен уплачиваться предприятиями, не осуществляющими самостоятельно подобных расходов, и аккумулироваться для целевого финансирования геологоразведки, геофизической разведки и сервиса из ссудного фонда промышленности.

Основными инструментами налогового стимулирования инвестиционной деятельности самих предприятий являются инвестиционный налоговый кредит, инвестиционная налоговая льгота и инвестиционная налоговая премия.

Инвестиционный налоговый кредит предусмотрен ст. 67 Налогового кодекса. Для его более эффективного использования вносятся изменения, предусматривающие ускоренный и приоритетный порядок его предоставления предприятиям приоритетных отраслей промышленности. Необходимо законодательное восстановление инвестиционной льготы, которая представляет собой право освобождения от налогообложения (уменьшения налоговой нагрузки) по налогу на прибыль для предприятий, создающих новые производства на базе обновленных за счет собственных средств основных фондов.

Перечень расходов, направленных на развитие производства, должен быть расширен за счет расходов по оплате обучения и повышения квалификации кадров, добровольных перечислений в ссудный фонд промышленности и фонды финансирования НИОКР, включая Российский фонд технологического развития.

Инвестиционная премия применяется как единоразовая мера к налогоплательщику–предприятию приоритетной отрасли в случае осуществления им крупных (сверх определенных пределов) расходов на технологическое обновление производства и заключается в освобождении от налогообложения определенной суммы сверх произведенных расходов по соглашению с налоговым органом. Применяется данная мера в отношении налога на прибыль.

Для снижения издержек промышленных предприятий и повышения уровня оплаты труда целесообразно установить пониженные ставки единого социального налога для предприятий приоритетных отраслей.

Инновационное налоговое стимулирование осуществляется по двум направлениям. Во-первых, восстанавливается система финансирования НИОКР как через специализированные фонды финансирования НИОКР (путем конкретизации их правового статуса, устранения двойного налогообложения их доходов и повышения ставки отчислений в них до 1,5%), так и путем стимулирования собственных расходов предприятий на осуществление НИОКР. Для повышения эффективности такого стимулирования ужесточается контроль за целевым использованием средств НИОКР и экономическим эффектом от их использования и устанавливаются льготные (дифференцированные) ставки НДС.

Существенным аспектом, препятствующим эмитированию предприятиями ценных бумаг с целью привлечения средств, является величина налога на операции с ценными бумагами при первоначальном эмитировании. Ставка налога снижается для предприятий приоритетных отраслей в целях повышения возможностей самостоятельного привлечения инвестиционных ресурсов через механизмы фондового рынка.

Меняются также механизмы и нормативы амортизации для ускоренного пополнения средств на модернизацию основных фондов, а также для целевого расходования этих средств.

По оценкам, плоское снижение общей ставки НДС до 17% приведет к снижению доходов бюджета на 0,8–0,9% ВВП, то есть примерно на 2,6 млрд. долл. Дифференцированное по виду производства снижение ставки может проводиться таким образом, чтобы средняя эффективная ставка составила бы те же 17%, но приоритетные отрасли получили бы более существенное снижение налогового бремени и импульс к развитию.

При снижении порога регрессивной шкалы ЕСН со 100 тыс. руб. до 50 тыс. руб. в год доходы бюджета сократятся примерно на ту же сумму. Введение инвестиционной премии обойдется бюджету в 1,4 млрд. долл. Таким образом, общие потери для бюджета составят около 6,6 млрд. долл. В то же время новый порядок взимания природной ренты позволит увеличить налогооблагаемую базу примерно на 25 млрд. долл., а гибкий порядок установления вывозных пошлин на нефть позволит своевременно пополнять выпадающие доходы с учетом мировых цен на нефть без значительного ущерба для российских компаний.