Kromatograafia valkude puhastamisel

Tamme loeng 4, slaid 61

3 etappi:

1. Valgu lahusesse viimine ja esmane fraktsioneerimine

2. Kromatograafiline puhastamine

3. Lõplik „poleerimine“

Kromatograafia on üldmõiste mitmesuguste laboratoorsete füüsikalis-keemiliste meetodite kohta, mida kasutatakse ainete segu komponentide lahutamiseks paljukordse sorptsiooni(gaasi, vedeliku või mõne nende komponendi neeldumine vedelikus või tahkes aines või kogunemine tahke aine pinnale) ja desorptsiooni(sorptsiooni pöördprotsess) tingimustes.

Lihtsustatult: praktikas kantakse ainete segu läbi sorbendi (liikumatu faas) sobiva vedeliku või gaasi vooluga (liikuv faas). Segu komponentide spetsiifilise sorptsiooni ja desorptsiooni tulemusena toimub nende jaotumine liikumatu ja liikuva faasi vahel vastavalt jaotuskoefitsientidele ning nende aktide paljude korduste tagajärjel komponendid liiguvad edasi erinevate kiirustega. See viib ainete lahutumisele ning moodustuvad kiiremini ja aeglasemalt liikunud komponentide tsoonid. Protsess teostatakse kas kolonnis, kapillaaris, paberil või plaadil. Lahutunud komponendid detekteeritakse füüsikaliste või keemiliste meetoditega.

 

Valkude struktuuri ja funktsiooni (valk-valk interaktsioonide) uurimise meetodid

Tamme, loeng 6, slaid 14

• Valgu molekulaarse struktuuri võib määrata tuumamagnetresonantsi abil

• Valgu funktsioonide üle võib otsustada tema järjestuse võrdlemisel mõne tuntud funktsiooniga valgu järjestusega

• Affiinsuskromatograafia ja immunosadestamine võimaldavad leida seostunud valke

Valgu funktsiooni uurimisel võib kasutada liitvalke (fusion proteins), samuti võib nende abil valku rakus lokaliseerida.

48. Antikehade ja liitvalkude kasutamisvõimalusi

Tamme, Loeng 6, slaid 16

Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel).
Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid.

 

49. GMO-de tootmine ja kasutamisvõimalusi

Organism(id), mille DNA on muudutud/modifiteseeritud insenergeneetiliste meetoditega selleks, et saada soovitud omadustega nt põllumajandusele kasulikke taimi.

Eesmärgid:

• kahjurikindlus: seened, putukad

• resistentsus taimemürkidele – võimaldab valikuliselt tappa umbrohtu

• säilivusaeg

• toiteväärtus

Transgeensed - organismid, kelle genoomi on siirdatud mõne võõrliigi geene, mis neis avalduvad ja järglastele päranduvad.

On olemas ka geeninokaut, mis tähendab seda, et mingi geen on vaigistatud (huvipakkuv geen), tegelikult siis 2 sarnast ala vahetatakse ära)

Võiks saada veiseid, kes toodaksid piima, mis sisaldab inimesele kasulikke ühendeid.

Loomad, kes oleksid suured ja neilt oleks võimalik palju liha saada.

Riisi, sojat, maisi, õlisid (GM raps)

Viiruste peamised klassid

Viirused on endoparasiidid, mil pole rakulist ehitust:

- Väljaspool elusat rakku ei ole viirus bioloogiliselt aktiivne,

- Viiruse paljunemine rakus toimub viiruse struktuursete osade sünteesi ja kokkupanemise teel (mitte pooldumise teel).

- Viirus ei kodeeri tervikliku translatsioonisüsteemi.

Viirused erinevad mobiilsetest geneetilistest elementidest selle poolest, et viirus on võimeline peremeesrakust väljuma ja uusi rakke nakatama

Viirused jaotatakse neis sisalduva nukleiinhappe järgi RNA(hepatiit C, gripp)- ja DNA-viirusteks(herpes, papilloomid) (mõlema viirused: HI, hepatiit B)

Viirused on eluta ja elusa looduse piirimail olevad rakulise ehituseta ainult elusrakkudes paljunevad bioloogilised objektid.

Viirus on rakuta moodustis, tema koostises on vähemalt:

• genoom (nukleiinhape- DNA või RNA)- nikleiinhaped säilitavad pärilikku info.Viirusel peab olema vähemalt kolm geeni
• kapsiid (valgud)- kaitseb genoomi keskkonnamõjutuste eest ja aitab viiruse genoomi peremeesrakku.

Nendele võib lisanduda ümbris, mille viirus rakust väljudes kaasa võtab. St. viiruse ümbris koosneb rakumembraani koostisosadest: lipiitidest ja valkudest. Kapsiid ja ümbriis on genoomi kaitseks, aga ka viiruse rakku tungimise tagamiseks (taku äratundmiseks). Viiruse ümbrise pinnal on valgus, mis käituvad signaalidena. Kui raku membraani pinnal plevad valgud seonduvad viiruse valkudena, siis rakk arvab, et see on mingi signaal ja viirus viiakse raku sisse..Siis viirus alustab raku sees oma tegevust.

 

HIVi molekulaarbioloogia

HIV on retroviirus, mis tähendab seda, et DNA asemel sünteesib viirus hoopis RNA. Retroviiruste puhul on unikaalne see, et pole DNA replikatsiooni, on ainult RNA pöördreaktsioon.