Організація первинних колективів здійснювалась у формі виробничих загонів.

У структурній побудові колективу Макаренко важливе місце відводив організації його керівництва. Це питання він вирішував перш за все через розвиток органів самоврядування, найголовнішою умовою існування яких була їх регулярна дієвість. Найвищим таким органом у колективах Макаренка були загальні збори колективу, які вирішували більшість питань. На цих зборах обиралися робочі органи самоврядування: рада колективу, санкомісія, господарська комісія та уповноважені. Раду колективу складали командири первинних загонів, які обиралися на загальних зборах, адміністрація закладу та представники комсомольської і піонерської організацій.

А.С. Макаренко приділяв значну увагу розвитку у вихованців громадянських якостей, що простежується навіть у його роздумах про особливості роботи в колективі. Зокрема, він відзначає: “В перший рік я, як педагог-початківець, зробив звичайну помилку. Я звертав увагу на особу, що випадала з колективу. У мене був неправильний погляд, спрямований у найнебезпечніші місця, і я за ці небезпечні місця брався. Природно, що моєю особливою увагою користувався той, хто крав, той, хто хуліганив, хто йде проти колективу, хто хоче втекти, тобто те, що випадало з колективу...

Протягом останніх років я змінив такий тон. Я побачив, що найнебезпечнішим елементом у моїй роботі є не той, що привертає до себе мою особливу увагу, а той, хто від мене ховається.

Чому мені спала думка про це? Тому що вже зробив 15 випусків, і я стежив за цими випущеними і бачив, що багато хто з тих, яких я вважав найнебезпечнішими та поганими, в житті поводяться активно, по-радянському, іноді роблять і помилки, але загалом вони задовольняли мене цілком як продукт виховання. А ті, хто ховалась від мене й були непомітні в колективі, у житті іноді поводяться зовсім як міщани: рано одружуються, заводять “сімейку”, влаштовуються з допомогою всіляких способів на роботу, з комсомолу виходять, втрачають усякий громадський обов’язок, перетворюються на сіренькі істоти...”. А.С. Макаренко намагався кожну дитину переконати, що він не стільки педагог, скільки навчає, щоб вона була грамотною, працювала на виробництві. Найменше Антон Семенович намагався показати вихованцеві, що він лише вихованець, тобто явище тільки педагогічне, а не суспільне й не особисте. Його підопічний це перш за все громадянин, а він, педагог, керує життям з його ж, вихованця, допомогою.

У своїх закладах Макаренко запровадив методику паралельної педагогічної дії. Сутність даної методики полягає не в прямому впливові вихователя на особистість вихованця, а через первинний колектив, до якого цей вихованець входить. Ця методика дозволяє зняти опір дитини виховним впливам, оскільки позиція педагога є прихованою.

А.С. Макаренко запропонував класифікацію колективів за стадіями розвитку, виділяючи при цьому наступні чотири стадії:

перша колективу ще нема, керівник змушений виступати у ролі “диктатора”;

друга виділяються активісти, які підтримують керівника і беруть на себе частину його повноважень;

третя колектив повністю склався, більшість функцій керівника переходить до органів самоврядування;

Четверта кожний перебуває на рівні самовиховання, ставлячи колективну вимогу сам до себе.

Важливою умовою розвитку дитячого колективу Макаренко називав “закон руху вперед”. Цей закон означає те, що виховну роботу треба будувати так, щоб неперервно росла потреба творити щось нове. У цьому зв’язку Макаренко розробив систему перспективних ліній, яка ставила перед вихованцями далекі і близькі цілі, дозволяла жити колективу напруженим, цілеспрямованим життям. Ця система виглядала так: близька перспектива віра в завтрашню радість, середня перспектива проект колективної дії, дещо віддаленої в часі; далека перспектива майбутнє вихованця чи майбутнє закладу.

Велике значення у згуртуванні колективу Макаренко віддавав традиціям, які дають змогу зберегти досвід минулих років і здійснити наступність поколінь. Вони є тим колективним законом, який регулює поведінку і позбавляє необхідності вирішувати щоразу, як діяти. Живучи за встановленими традиціями, вихованці почувають себе в обстановці особливого колективного закону, гордяться ним і намагаються його поліпшити.

Соціальні педагоги можуть використати на сучасному етапі ідеї А.С. Макаренка стосовно подолання негативних соціальних явищ, виправлення девіантної поведінки підлітків. Ним рішуче переслідувалися хуліганство і насилля над слабкішим. У таких випадках використовувались моральні форми осуду. У разі крадіжки, і в разі пияцтва загальні збори колективу могли винести ухвалу про затримання випуску із закладу до певного строку, про занесення до особистої справи. Проте в окремих випадках за крадіжки вихованців віддавали до суду. І негайно заарештовували.